会計検査院は11月５日、2020年度決算の検査報告を岸田文雄首相に提出し、公表した。この中で税金の無駄遣いや不適切経理、資金の積み残しなど計210件、2,108億円を指摘した。
2020年初めから感染拡大した新型コロナウイルス対策事業について初めて検査。厚生労働省が配布した布マスクに不良品が発生したため、検品作業に21億円が支出されたこと、「雇用調整助成金」と「緊急雇用安定助成金」は2020年度に計３兆1,900億円が支払われたが、少なくとも約３億円の不正受給が判明した。旅行などを促す「GoToキャンペーン」では、５都市が対象から外れたことからキャンセルされた「取り消し対応費用」として2021年２～７月に407万件で計1,157億円が支払われた。