日本政府は６月17日、新型コロナウイルス対策の基本的対処方針分科会で、10都道府県で発令中の緊急事態宣言について、沖縄を除く９都道府県は20日までで解除する方針を諮問し、了承された。うち北海道、東京、大阪、京都、兵庫、愛知、福岡の７都道府県は21日から「まん延防止等重点措置」へ移行し、沖縄の宣言延長とともに３週間後の７月11日を期限とする。広島、岡山両県はまん延防止措置には移行せず、６月20日で全面解除する。
現在、まん延防止措置を適用している千葉、神奈川、埼玉３県については７月11日まで延長。岐阜、三重両県は６月20日の期限で解除する。
この結果、６月21日～７月11日の間、緊急事態宣言発令は沖縄１県、まん延防止措置の適用は10都道府県となる。

富山大などは６月16日、新型コロナウイルス感染症から回復した患者の血液をもとに、多種類の変異株が体内で増殖するのを妨げる「スーパー中和抗体」を作製したと発表した。重症化を防ぐ治療薬として使えば、救命率の向上が期待できるという。
同大学によると、スーパー中和抗体はインド株を含む現在知られているほとんどの変異株で、効果が確認されたという。

日本政府は６月15日、海外での温室効果ガス削減支援により、2030年度までに累積１億トンの排出抑制を目指すと発表した。インド太平洋地域を中心に官民で取り組みを強化する。技術提供の見返りに削減量を相手国と分け合う「２国間クレジット制度」（ＪＣＭ）を活用し、政府目標の「2050年度までの温室効果ガス排出実質ゼロ」につなげる。

ホンダは６月15日、ミニバン「オデッセイ」の生産を年内で終了すると発表した。初代オデッセイは1990年代にヒットし、ミニバンブームをリードした。だが近年は小型のミニバンなどに人気が移り、販売が落ち込んでいた。製造している狭山工場（所在地：埼玉県狭山市）を2021年度中に閉鎖することに伴い、生産停止を決めた。
同社は狭山工場で生産している高級セダン「レジェンド」に加え、燃料電池者車（ＦＣＶ）も生産を停止する。

京都府立医科大学は６月15日、お茶に含まれるカテキン類が新型コロナウイルスを不活化することを見出し、伊藤園中央研究所との共同研究の結果、茶カテキン類がウイルスのスパイクたんぱくに結合し、細胞への感染能力を低下させる効果などを確認したと発表した。
試験管内でヒト唾液中にくわえたウイルスに対しても、茶カテキン類による迅速かつ効果的な不活化が認められたことも明らかにした。これにより、お茶を口に含んだとき口腔内で唾液中のウイルスが茶カテキン類によって不活化される効果が期待できるという。

財務省が６月16日発表した５月の貿易統計速報によると、輸出額は前年同月比49.6％増の６兆2,612億円だった。米国や欧州向けの自動車輸出が大幅に伸びた。前年同月が新型コロナウイルスの影響で大きく落ち込んでいた反動もあるが、1980年４月以来の高い伸びを記録した。３カ月連続の増加で、コロナ感染拡大前の2019年５月と比べても７％上回った。
地域別にみると、米国向けは前年同月比87.9％増の１兆1,044億円、欧州連合（ＥＵ）向けは同69.6％増の6,169億円、中国向けは同23.6％増の１兆3,926億円、アジア向けは同32.5％増の３兆6,386億円だった。
輸入は同27.9％増の６兆4,484億円に上った。新型コロナワクチンを大量に輸入したことで、医薬品が大幅に膨らんだほか、原油価格の上昇も影響した。この結果、貿易収支は1,871億円の赤字だった。貿易収支が赤字になるのは４カ月ぶり。

日本郵船（本社：東京都千代田区）は６月15日、新来島どっくおよび日本シップヤードとの間で、液化天然ガス（ＬＮＧ）を主燃料とする自動車輸送船12隻（両社各６隻）を一括発注することで覚書を締結したと発表した。2025年度から2028年度にかけて順次竣工する予定。投資額は1,000億円を超えるとみられる。
従来の重油焚き船に比べ輸送単位当たり約40％の二酸化炭素（ＣＯ２）削減が見込まれる。世界で進む環境規制強化の流れを受けて、ＣＯ２排出量を抑制する船への切り替えを一気に進める。苦境にある国内造船業界の支援にもつなげる。

日本政府が６月15日閣議決定した2021年版観光白書によると、2020年７～12月、国内で宿泊旅行をした人の66.5％は観光支援事業「GoToトラベル」を使ったと紹介。飲食や土産物購入に使える地域共通クーポンの都道府県別利用額は東京が１位で、大都市や主要観光地を抱える地域が上位を占めた。
年代別で利用者が最も高かったのは60代の70.2％で、次いで50代が69.6％、30代は68.4％など。１泊した人が82.1％を占め、２泊の11.1％と続いている。地域クーポンの2020年10～12月利用額は東京69.6億円、北海道68.2億円など。

日本政府が６月15日閣議決定した2021年版「交通安全白書」によると、2020年の交通事故死者は2,839人にとどまり、統計がある1948年以降、最少となった。新型コロナ禍で政府より要請された外出自粛が、結果的に交通事故を抑制する一因になったと指摘している。
年間死者数が3,000人を下回ったのは初めて。ピークだった1970年の6,765人から80％以上の減少となった。一方、年間死者数に占める65歳以上の高齢者の割合は56.2％。年々増加しており、統計が残る1966年以降、最大となった。

日本外務省は６月15日、第９回太平洋・島サミットを７月２日にテレビ会議形式で開催すると発表した。新型コロナウイルス感染症対策や気候変動などをテーマに議論する。島サミットは、日本と太平洋の島嶼（とうしょ）国が1997年から３年に１回開催している。